A legjobb ingyenes molekuláris modellező szoftver Windows 10 rendszerhez

Ebben a cikkben bemutatjuk a legjobb ingyenes molekuláris modellező szoftvert(Molecular Modeling software) a Windows 10 PC-hez. Ezekkel az ingyenes szoftverekkel modelleket hozhat létre különféle egyszerű és összetett kémiai vegyületekről. Ez a szoftvergyűjtemény a bioinformatikus, vegyészmérnök stb. hallgatók számára hasznos. A periódusos rendszerből(Periodic Table) különböző elemek hozzáadásával kémiai vegyületet képezhet. Ezen túlmenően ezekben a szoftverekben különböző stílusú kémiai vegyületeket is megtekinthet, például drótvázat, golyót és botot, csöveket, golyót és hengert(wireframe, ball and stick, pipes, ball and cylinder) stb.

Molekuláris modellező(Modeling) szoftver Windows 10 rendszerhez(Windows 10)

Néhány ilyen szoftver az Ön kényelme érdekében különböző kémiai csoportokat és szerkezeteket is tartalmaz. Egyszerűen(Simply) válassza ki őket, és kész is a kémiai modell. Példák a kémiai csoportokra:  alkoholok, benzol, aldehidek, aminosavak(alcohols, benzene, aldehydes, amino acids) stb. Ezen kívül kémiai számításokat is végezhet, például  energiát, kötéshosszt(energy, bond length) stb.

  1. Avogadro
  2. MoluCAD
  3. ArgusLab
  4. Aszkalap tervező

Vessünk egy pillantást rájuk.

1] Avogadro

A legjobb ingyenes molekuláris modellező szoftver, Avogadro

 Az Avogadro(Avogadro)  egy kiváló molekuláris modellező ingyenes szoftver, amely rengeteg funkcióval rendelkezik. Felhasználóbarát felülete könnyen érthetővé teszi a felhasználók számára. A szoftver indításakor egy fekete képernyőt és egy panelt fog látni a bal oldalon. Néhány gyakran használt elemet a bal oldali panel „ legördülő menüjéből ” érhet el. (drop-down menu)Ha az összes elemet el szeretné érni, egyszerűen kattintson a legördülő menü „ egyéb ” elemére, és a szoftver elindítja a (other)periódusos rendszert(Periodic Table) . A periódusos rendszerből(Periodic Table) kiválasztott elem elérhető lesz a legördülő listában.

A kémiai vegyület rajzolásának lépései:

  1. Válasszon ki(Select) egy elemet a bal oldali panel legördülő menüjéből, és kattintson a fekete képernyőre a hozzáadáshoz.
  2. Most válasszon egy másik elemet a legördülő menüből.
  3. Nyomja meg és tartsa lenyomva az egér bal gombját, és húzza az első elemre, hogy összekapcsolja egy kémiai kötéssel. Kiválaszthatja a kémiai kötés típusát is: egyszeres, kettős vagy hármas.

A szoftver eszköztárán különböző gombok találhatók:

  • Rajzeszköz(Draw tool) : Különböző molekuláris vegyületek rajzolását teszi lehetővé.
  • Navigációs eszköz(Navigation tool) : Használatával mozgathatja, forgathatja, nagyíthatja és kicsinyítheti a molekulamodellt.
  • Bond centrikus manipulációs eszköz(Bond centric manipulation tool) : Válassza ezt az eszközt, és kattintson bármelyik kötésre a szög megtekintéséhez.
  • Automatikus forgatás eszköz(Auto rotation tool) : Válassza ezt az eszközt, és kattintson a „ Start ” gombra. Most nyomja meg és tartsa lenyomva az egér bal gombját, és húzza bármely irányba. Engedje el a bal kattintást, és a molekuláris modell automatikusan forogni kezd.

Ha automatikusan át szeretné méretezni a vegyületek kötési hosszát, lépjen a „ Extensions > Optimize Geometry ” menüpontra, vagy nyomja meg a „ Ctrl+Alt+O ” billentyűkombinációt . Az energia kiszámításához lépjen a „ Extensions > Molecular Mechanics > Calculate Energy ” menüpontra.

A fájl mentése(Saving the File) : A projektet többféle formátumban is elmentheti, beleértve a  PDB, ENT, CHM, ALC, CDXML, CDX, C3D2, C3D1, SD, SDF, DMOL, CHT, GAM formátumokat(PDB, ENT, CHM, ALC, CDXML, CDX, C3D2, C3D1, SD, SDF, DMOL, CHT, GAM) . Ezen kívül elérhető egy exportálási lehetőség is, amellyel elmentheti projektjét  PDF, SVG, BMP, JPG, PNG stb. formátumban.

2] MoluCAD

A legjobb ingyenes molekuláris modellező szoftver Windows 10 rendszerhez

A MoluCAD(MoluCAD)  egy másik ingyenes molekuláris modellezési program ebben a listában. Az Avogadrohoz(Avogadro) hasonlóan ez is számos funkcióval rendelkezik. Ebben a szoftverben 2D és 3D nézeteket is megtekinthet egymás mellett. Néhány gyakran használt elem elérhető a szoftver bal oldali paneljén. A fő térhez való hozzáadásához egyszerűen kattintson bármelyik elemre. Ha a hozzáadni kívánt elem ott nem érhető el, akkor a periódusos rendszerből(Periodic Table) választhatja ki . A periódusos rendszer(Periodic Table) megtekintéséhez kattintson jobb gombbal a fekete szóközre, majd kattintson az „ Atom hozzáadása(Add Atom) ” gombra.

A kémiai vegyület rajzolásának lépései:

  1. Kattintson(Click) bármelyik elemre a bal oldali panelen a hozzáadáshoz.
  2. Kattintson(Click) egy másik elemre a hozzáadáshoz, vagy kiválaszthatja a periódusos rendszerből(Periodic Table) .
  3. Az elemek összekapcsolásához lépjen a „ Add > Bonds – Connect Atoms összekapcsolása ” menüpontra, és válassza ki a kémiai kötés típusát. Most kattintson az első atomra, majd kattintson a másodikra.

Az elemeken kívül vegyületeket is hozzáadhat. A jobb oldali panelen különböző  molekulák, aminosavak, funkciós csoportok, magányos atompárok(molecules, amino acids, functional groups, lone pair atoms) stb. találhatók. Válasszon ki egy tetszőleges szerkezetet, és húzza át a fő helyre. Energy > Evaluate Energy ” lehetőségre kattintva számíthatja ki .

A „ Lekérdezés(Query) ” menü segítségével kiszámíthatja a  két atom közötti távolságot, a kötés hosszát, a kötési szöget, a torziós szöget, a tömegközéppontot(distance between two atoms, bond length, bond angle, torsion angle, the centre of mass) stb. A 3D szerkezetet négy különböző nézetben tekintheti meg:  felül, elöl, oldalsó és ferde(top, front, side, and oblique) . Lépjen a „ View > Graphics Mode ” elemre, ha meg szeretné tekinteni a modellt különböző formákban, például  labda és bot, szóközkitöltés, csövek(ball & stick, space fill, pipes) és egyebek formájában.

Fájl mentése(Saving the file) : A projektet elmentheti MCD formátumban. Ha a „ Fájl(File) ” menü  „ Exportálás(Export) ” opcióját használja, a projektet JPEG  és  Windows BITMAP  formátumban mentheti.

3] ArgusLab

A legjobb ingyenes molekuláris modellező szoftver, ArgusLab

Az ArgusLab(ArgusLab)  egy másik felhasználóbarát molekuláris modellező szoftver, amely könnyen érthető funkciókkal rendelkezik. Ezzel a szoftverrel különböző kémiai vegyületek szerkezetét hozhatja létre. A szoftver bal oldali paneljén három lap érhető el:

  • Atomok : Ez a lap a (Atoms)periódusos rendszer(Periodic Table) különböző elemeit tartalmazza . Az egyes atomokra kattintva a szoftver megjeleníti annak geometriáját. Kattintson(Click) a „ Periodikus rendszer(Periodic Table) ” gombra a periódusos rendszer(Periodic Table) elindításához .
  • Gyűrűk(Rings) : Itt különböző típusú kémiai gyűrűszerkezeteket talál.
  • Aminosavak(Amino Acids) : Ez a lap különböző típusú aminosavakat mutat be. Ezen a lapon a „ Polypeptide Builder ” is elérhető.

A kémiai vegyület rajzolásának lépései:

  1. Kattintson az „ Atom ” fülre a bal oldali panelen egy elem hozzáadásához.
  2. Válassza ki(Select) az elérhető elemek bármelyikét. Ha a kívánt elem nincs ott, kiválaszthatja ugyanazt a „ Periodikus táblázatból(Periodic Table) ”.
  3. (Use)Kattintson a jobb gombbal az elem elhelyezéséhez a kijelölt helyre .
  4. Válasszon(Select) másik elemet. Most válassza ki az utolsó elemet a bal gombbal, és helyezze el a másik elemet a jobb gombbal. Ez egyesíti a két elemet, és egy vegyületet alkot.
  5. Ha gyűrűket és aminosavakat szeretne hozzáadni a térhez, kövesse ugyanazokat a lépéseket.

4] Ascalaph Designer

A legjobb ingyenes molekuláris modellező szoftver, Ascalaph Designer

Az Ascalaph Designer(Ascalaph Designer)  még egy jó ingyenes molekulamodellező program. A szoftver legjobb része az, hogy nem kell telepítenie a számítógépére. Futtatható fájllal érkezik. A szoftver zip formátumban lesz letöltve. A kicsomagolás után a végrehajtható fájl a „ bin ” mappában található.

A kémiai vegyület rajzolásának lépései:

  1. Új projekt indításához nyomja meg a „ Ctrl+N
  2. Elemek hozzáadásához meg kell nyitnia a periódusos táblázatot(Periodic Table) . Ehhez lépjen a „ Build > Free Drawing ” menüpontra.
  3. Jelölje ki(Select) az elemeket, és helyezze el a térbe a „ Ctrl+Shift ” billentyűk lenyomásával.
  4. Helyezzen el egy másik elemet a fenti lépéssel, és húzza az utolsó elemre, hogy összekapcsolja őket kémiai kötéssel.

A jobb oldali panelen lévő gombokra kattintva megtekintheti az összes vegyületet különböző formákban, például  labda és bot, drótváz, CPK stb. (ball and stick, wireframe, CPK)Ha kiválaszt egy elemet a periódusos táblázatból(Periodic Table) , további információkat jelenít meg, például az  elem nevét, a hibridizációt, a kovalensséget és a Van Der Waals vonzási erőket(element name, hybridization, covalent, and Van Der Waals forces of attraction) . Kattintson az „ Elemzés(Analyze) ” menüre különböző számítások elvégzéséhez, beleértve  az energiát, hőmérsékletet, nyomást, dipólusmomentumot(energy, temperature, pressure, dipole moment) stb.

A fájl mentése(Saving the file) : A projektet csak a saját formátumaiban mentheti el, beleértve a  mim, hin, xmolmmol, smol  stb. formátumot. Ez az ingyenes szoftver hátránya.

Reméljük, hogy hasznosnak találta ezt a bejegyzést iskolai és főiskolai projektjeihez.



About the author

Ingyenes szoftverfejlesztő vagyok, és a Windows Vista/7 szószólója vagyok. Több száz cikket írtam az operációs rendszerrel kapcsolatos különféle témákban, beleértve tippeket és trükköket, javítási útmutatókat és bevált módszereket. Cégemen, a Help Desk Services szolgáltatáson keresztül irodai tanácsadási szolgáltatásokat is nyújtok. Mélyen ismerem az Office 365 működését, funkcióit és a leghatékonyabb használatukat.



Related posts